8月13日下午，中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所所級(jí)科學(xué)數(shù)據(jù)中心舉辦了“人體微生物組數(shù)據(jù)分析和可視化”培訓(xùn)，旨在幫助科研人員了解和掌握相關(guān)技術(shù)和工具，以提升自身生物信息分析能力。本次培訓(xùn)由中心資深工程師李強(qiáng)擔(dān)任主講人，其為中心微生物組學(xué)分析云平臺(tái)（integrated Microbiome Analysis Cloud，簡(jiǎn)稱iMAC）負(fù)責(zé)人，主要研究方向?yàn)槲⑸锝M學(xué)云分析流程開(kāi)發(fā)及搭建、大數(shù)據(jù)分析算法開(kāi)發(fā)等。
李強(qiáng)首先向?qū)W員們介紹了人體微生物組的研究進(jìn)展。近年來(lái)，腸道微生物組研究領(lǐng)域迅速發(fā)展，學(xué)術(shù)文獻(xiàn)數(shù)量和研究資金投入均大幅增加，推動(dòng)該領(lǐng)域進(jìn)入了黃金時(shí)代。飲食與腸道微生物組的相互作用研究取得了顯著進(jìn)展，個(gè)性化營(yíng)養(yǎng)策略逐漸興起，為代謝性疾病、免疫性疾病等多種疾病的治療和管理提供了全新的思路。隨后，他介紹了微生物組學(xué)的研究實(shí)踐，包括如何獲得樣品序列信息及測(cè)序結(jié)果的解讀等。最后，他詳細(xì)介紹了微生物組學(xué)分析云平臺(tái)，該平臺(tái)是微生物組學(xué)數(shù)據(jù)一站式分析平臺(tái)，訪問(wèn)地址為https://www.biosino.org/iMAC。
培訓(xùn)過(guò)程中，李強(qiáng)以16S rRNA流程為例，帶領(lǐng)學(xué)員們?cè)敿?xì)操作了iMAC平臺(tái)?，F(xiàn)場(chǎng)演示引導(dǎo)學(xué)員們積極參與，并進(jìn)行了深入的交流和討論。此次培訓(xùn)不僅使學(xué)員們對(duì)微生物組的應(yīng)用有了更深入的了解，還掌握了iMAC平臺(tái)的實(shí)際操作。這將進(jìn)一步提升學(xué)員們對(duì)所級(jí)科學(xué)數(shù)據(jù)中心提供的常規(guī)生物信息分析服務(wù)的了解，為科學(xué)研究工作提供有力支持。
營(yíng)養(yǎng)與健康所所級(jí)科學(xué)數(shù)據(jù)中心將持續(xù)舉辦相關(guān)主題的培訓(xùn)活動(dòng)，以幫助更多的科研人員了解中心提供的保全、保供、增值、定制等四類服務(wù)。同時(shí)，所級(jí)科學(xué)數(shù)據(jù)中心還設(shè)計(jì)了相關(guān)的調(diào)研問(wèn)卷（詳見(jiàn)文末二維碼），誠(chéng)邀科研人員提出寶貴的意見(jiàn)和建議，以便進(jìn)一步優(yōu)化和提升服務(wù)質(zhì)量。通過(guò)與科研人員的積極互動(dòng)和反饋，中心將不斷改進(jìn)服務(wù)流程，提升技術(shù)支持質(zhì)量，為進(jìn)一步滿足科研需求提供更加優(yōu)質(zhì)的服務(wù)。
李強(qiáng)工程師作培訓(xùn)報(bào)告
關(guān)于iMAC平臺(tái)：
iMAC是一個(gè)集成的、公開(kāi)免費(fèi)且友好的微生物組分析云平臺(tái)，旨在系統(tǒng)、全面地分析16S rRNA擴(kuò)增子和宏基因組的原始數(shù)據(jù)。用戶只需要上傳數(shù)據(jù)，選擇感興趣的流程，并根據(jù)需求靈活調(diào)整默認(rèn)參數(shù)，任務(wù)就會(huì)自動(dòng)提交到云端進(jìn)行處理，最終結(jié)果以在線交互式圖形和詳細(xì)PDF報(bào)告等文件呈現(xiàn)。iMAC平臺(tái)支持的分析流程包括：16S rRNA 流程、mWGS-reads流程、mWGS-MAG流程和mWGS-assembly流程。此外，iMAC還提供用于進(jìn)一步分析的高級(jí)工具。 16S rRNA流程基于Qiime2，主要包括物種多樣性研究、差異菌群研究和差異功能研究。
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